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现在,无论是医学文献,仍是实在的医疗数据,无不在飞速发展。前不久「不识李晞彤知网」的故事一时传为笑谈。可是,知也无涯;说不定哪一天咱们也会面临相似的问题懵然不知而见笑大方呢。本文能够算是扫盲。

No.1

医学文献数据库

中文数据库

我国知网、维普网和万方数据是国内三个首要的文献全文数据库,也包含了医学文献。我国生物医学文献服务系统 (SinoMed, http://www.sinomed.ac.cn) 则是常用的医学文摘数据库之一。这儿只对我国知网进行扼要介绍。

我国知网 (China National Knowledge Infrastructure / CN晓说,铃木吉姆尼-西班牙真人秀大全,不同的文明,不同的真人秀故事KI , https://www.cnki.net) 由清华大学和清华同方创立,内容十分全面,归入的文献类型包含期刊、报纸、会议论文、学位论文、年鉴、图书等。除医疗卫生范畴的文献外,也包含经济、文明、教育等多范畴。我国医院数字图书馆(CHKD, https://chkd.cnki.net) 为知网下的医学类渠道,除了查询期刊论文、学位论文、会议论文等之外,CHKD 医学东西书库也是十分全面和便利的东西。CHKD 的外文文献库包含 Elsevier、Springer 和 Directory of Open Access Journals (DOAJ) 出书的文献数据,供给第三方链接和部分免费全文下载。

英文数据库

Medline / PubMed

美国国立医学图书馆 (National Library of Medicine / NLM, https://www.nlm.nih.gov) 部属的数据库有许多,比方基因序列数腾讯招聘据库 GenBank,毒理学数据库 TOXNET 等等。Medline则是 NLM 所属的归纳生物医学信息书目数据库。Medline 录入全球超越 5200 种期刊的 2500 万份文献,是现在最大的医学文摘数据库,运用 MeSH 主题词检索。PubMed(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed) 是 NLM 所属国家生物技术信息中心 (NCBI) 开发并保护的面向大众敞开的检索系统,就文献检索而言,既能够检索 Medline 的文献,也能够检索其他来历的文献。

尽管 Medline 是文摘数据库,可是 PubMed 能够链接到 Sciencedirect、Springer、Ovid 等全文数据库取得全文,是医师和医学生最了解的文献检索东西。别的,经过 PubMed 主页上「RESOURCES」的链接还能够拜访 NCBI 的分子生物学、基因、遗传学等数据库。

Embase

Embase (Excerpta medica database, https://www.embase.com) 是 Elsevier 出书集团所叶子属的医药文献数据库,录入 1947 年以来的药物及医学文献,含有 2000 余项Medline 未录入的杂志,特别以药物相关的文献为其特色。检索运用 EMTREE 主题词,包含了 MeSH 主题词。

Web of Science

Web of Science (https://clarivate.com/products/web-of-science) 多学科文摘数据库,不只包含生物晓说,铃木吉姆尼-西班牙真人秀大全,不同的文明,不同的真人秀故事医学文献,也包含人文社科等玉堂金闺学科。Web of Science下包含多个子库,如 SCI、SCIE、ESI、SSCI、JCR 等,许多国内的大学都现已注册悉数或部分子库的接入。这三个数据库是英文文献检索的常用门户且文摘录入各有偏重,destiny做荟萃剖析或系统总述常常都需求查到[1]。鉴于检索办法互相有些不同,因而通晓检索的专业人士的主张仍是十分有用的。

Cochrane图书馆

说到荟萃剖析和系统总述,就必须说到 Cochrane 图书馆 (Cochrane Library, https://www.cochranelibrary.com)Cochrane 系统总述数据库 (Cochrane database of systemic review, CDSR) 历来以高质量的研讨数据整合出名,Cochrane 的系统总述办法谨慎,内容详实,是高质量的循证医学依据。CDSR 便是 Cochrane 图书馆的柱石,在 Cochrane 图书馆能够查询一切 Cochrane 总述和系统总述研讨方案。除此之外,C晓说,铃木吉姆尼-西班牙真人秀大全,不同的文明,不同的真人秀故事ochrane 图书馆还有 Cochrane 对照研讨注册中心 (Cochrane Central Register of Controlled Trials) ,能够查询随机以及准随机对照研讨的陈述,这些陈述来自 PubMed, Embase 等文献数据库以及 ClinicalTrials.gov 等的注册数据。

No.2

临床研讨注册数据库

ClinicalTrials.gov

ClinicalTrials.gov (https://clinicaltrials.gov) 是美国 NLM 所属的临床研讨注册数据库,由 NIH 和 FDA 共同开发,包含全国际各种干涉性或查询性研讨的注册、规划以及成果信息。能够从主页上的Find a study直接按专题查找,比方输入某个药物的通用名,即可查找出一切与此药物相关的、在此网站上挂号的临床研讨的信息和数据,包含已完毕(已宣布或未宣布)、已停止、以及正在进行的研讨。不只能够看到研讨的基本信息、规划和进展,有些研讨还会敞开成果以供查阅。不行抱负的是,并不是一切研讨都敞开成果;别的并不能查到(即便是 de-ident晓说,铃木吉姆尼-西班牙真人秀大全,不同的文明,不同的真人秀故事ified)受试者个别的临床信息。关于房贷提早还款患者和家族来说,能够从这儿查到是否有药物正在进行受试者招募,能够看到研讨的地址、单位、规划和入组标准,一起网站上也供给了相应的联系人。

我国临床研讨注册数据库

我国的临床研讨注册数据库包含我国临床试验注册中心 ChiCTR (Chinese Clinical Trial Registry, http://www.chictr.org.cn/index.aspx) md及数据管理系统 ResMan(http://www.medresman.org/login.aspx) 。在这儿就不具体介绍了。

No.3

人群数据及医疗数据类数据库

这类数据库是医学和公共卫生研讨的瑰宝,由一个杰出树立、长时刻随访的人群行列中所产出的数据是稀少难得的优质研讨资源。比方 Framingham 心脏研讨行列(https://www.framinghamheartstudy.org) ,自 1948 年树立至今已逾 70 年,奉献颇丰。关于医学生来说,即便没有机会接触到这样的行列数据,相同能够有高质量的面向大众敞开的免费数据供研讨用。仅举几例如下:

SEER

美国国立癌症研讨所肿瘤监测、流行病学及结局项目数据库 (Surveillance, Epidemiology and End Results Program, https:/舒婷/seer.cancer.gov) 简称 SEER,是美国国立癌症研讨所 (NCI) 的肿瘤患者挂号项目。SEER 内蒙古地图数据库是肿瘤研讨范畴较常用的数据资源,包含了美国部分州县的肿瘤患者挂号数据,始于1973年,约包含了美国人口的34.6%。SEER 搜集肿瘤患者的人口学材料、肿瘤部位、形状、确诊分期、医治以及随诊信息等。全球的肿瘤研讨者均能够在线请求部分数据的运用权,已有许多的文章宣布。数据能够直接运用 SEER 自己的核算软件 SEER*Stat 进行剖析,也能够导出之后运用常用的核算软件(如SAS)进行分晓说,铃木吉姆尼-西班牙真人秀大全,不同的文明,不同的真人秀故事析。关于缺少数据资源的研讨者来说,SEER 数据库是一个很好的研讨目标,可是就像一切查询性数据相同,难以避免稠浊和偏倚,在进行剖析的时分需求留意操控。

美国 CDC 数据

美国疾病防备操控中心 (Center for Disease control and Prevention, CDC) 网站有丰厚的数据资源。比方:

NCHS (国家健康核算中心, National Center of He下颚alth Statistics,https://www.cdc.gov/nchs/index.htm) 供给的许多全美健康查询核算数据、出世及逝世数据(https://www.cdc.gov/nchs/data_access/ftp_data.htm)

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CDC BRFSS (Behavioral Risk Factor Surveillance System, https://www.cdc.gov/brfss/index.html)的行为与健康查询数据

CDC WONDER (Wide-ranging Online Data for Epidemiologic Research,https://wonder.cdc.gov) 的许多公共卫生相关数据

WISQARS (Web-based In睡女性jury Statistics Query and Reporting System,https://www.cdc.gov/injury/wisqars/index.html) 的伤口、暴力晓说,铃木吉姆尼-西班牙真人秀大全,不同的文明,不同的真人秀故事损伤及逝世的数据 ……

CDC网站的许多数据都免费向大众敞开下载。NCHS 的查询数据为全国抽样,既有人群查询潮图,如健康与养分状况的查询 (National Health and 鲁邦三世Nutrition Examination Survey, NHANES),也有医疗机构的查询,如门诊医疗查询 (National Ambulator迭目江腾y Medical Care Survey, NAMCS) 和医院门(急)诊医疗查询 (National女排新星颜值逆天 Hospital Ambulatory Medical Care Survey, NHAMCS) 等,这些数据多为全国性多年接连的横断面查询数据,具有较好的代表性,假如对流行病学研讨、公共卫生和医疗卫生服务研讨、卫生政策研讨有爱好,这些数据具有较高的价值,也有许多的文章宣布,但应该留意到中美两国公共卫生和医疗系统的不同。关于临床研讨而言,尽管有患者的疾病和医治信息,因为不能供给临床医治的细节、临床目标(如化验成果)以及患者的随访,具有必定的局限性。别的,查询数据会有相应的偏倚,在剖析的时分应当留意。

MIMIC 数据库

说到临床医治数据,就不能不说到 MIMIC (Medical Information Mart for Intensive Care, https://mimic.physionet.org)。尽管它仅仅是 ICU 数据,但它可能是现在对全球研讨者免费敞开的最好的院内医治及监测的实在国际数据库了。现在的数据库是 MIMIC-III,由麻省理工学院开发,数据来自波士顿 BIDMC (Beth Israel Deaconess Medical Center,贝斯以色列女执事医疗中心) 的ICU患者(包含内外科ICU、CCU、心脏术后监护 CSRU 和伤口术后监护 TSICU),包含了从 2001 年到 2012 年 53423 例次的住院患者信息。数据库的基本情况能够参阅 Scientific Data 上的简介[2]。MIMIC 记录了患者的生命体征、化验查看、医治用药等临床数据(波形数据在别的独自的数据库中),资源十分丰厚,既能够用传统的核算学办法研讨医治与预后的联系,也能够用数据发掘和机器学习算法进行相应课题的研讨。在 Github 上有 MIMIC 剖析编程的沟通社区 (https://github.com/MIT-LCP/mimic-code)M八段锦口令音乐IMIC 是单中心的数据库,在患者的代表性上有些短缺,仅根据 MIMIC 得出的定论需求考虑外部实在性的问题。别的,查询性数据都难以避免稠浊和偏倚,在进行剖析的时分应分外留意。

我国人群数据库

国家人口与健康科学数据同享渠道 (http://www.ncmi.cn/column/INDEX) 及公共卫生科学数据中心 (http://www.phsciencedata.cn/Share) 是我国现在能够供给部分揭露数据或核算陈述的数据库。

别的,就我国人群数据而言,北卡罗莱纳大学的我国健康与养分查询 (China Health and Nutrition Survey, https://www.cpc.unc.edu/projects/china) 是一个敞开的数据库,由北卡罗莱纳大学教堂山分校和我国疾控中心协作,包含中凶恶触手国 15 个省的 30000 余名个别。该查询旨在研讨改革敞开之后我国社会经济改变对人群的养分及健康的影响。数据从 1989 年到 2015 年,能够免费下载,为SAS格局。别的查询所用问卷亦可从网站上取得 (https://www.cpc.unc.edu/projects元井あきな/china/data/questionnaires)。

最终需求说的是,运用上述敞开数据时必定要仔细看运用标准和数据阐明,除了运用权限以及引证办法之外,变量的描绘和界说、分类变量各个值的界说、缺失数据的界说和在数据会集的显现办法、数据有无权重、以及怎样核算权重等等,都需求了解清楚。失之毫厘,谬以千里。尽管数据阐明动辄几十页上百页,可是和含辛茹苦之后做出不知所云的成果比较,这些时刻花得仍是值得的。

参阅文献

[1] Bramer WM, et al. Optimal database combinations for literature searches in systematic reviews: a prospective exploratory study. Syst Rev. 2017 Dec 6;6(1):245.

[2] Johnson AE, et al. MIMIC-III, a freely accessible critical care database. Sci Data. 2016 May 24;3:160035.

作者:阿拉巴马大学伯明翰分校公共卫生学院 刘晔

审理:北京协和医院内分泌科 李乃适 副教授

修改:南麓白芷

质控:狗爪半夏

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